构建系统进化树的序列经Bioedit进行比对及手工校正
更新日期:2021-10-09     浏览次数:11
核心提示:1. 4 分子系统学用Bioedit软件结合序列峰图检测从测序公司获得的序列是否准确,若显示双峰或杂峰,则序列不可信,需要重新测序。将峰值整齐的序列上传

1. 4 分子系统学

用Bioedit软件结合序列峰图检测从测序公司获得的序列是否准确,若显示双峰或杂峰,则序列不可信,需要重新测序。将峰值整齐的序列上传到NCBI(National Center for Biotechnology Information)的BLAST(Basic Local Alignment Search Tool)进行比对,确定其属级分类地位。将测序结果正常的序列上传GenBank并获取基因登录号。通过参阅相关文献,从GenBank中下载参比序列(权威期刊最新发表Gliocladiopsis属的基因序列)。将用于构建系统进化树的序列经Bioedit进行比对及手工校正后[8,9],保存为Fasta格式,输出为NEXUS/PAUP格式,用系统发育分析软件PAUP* 4. 0b10(Swofford2002)运行该文件[20,21],所有碱基位点进行随机处理,缺失碱基视为数据缺失;分析主要参数设置为:最大树值设置为5000,Bootstrap自举检测值为1000,执行最大简约(maximum parsimony,MP)法的分析运算,得到系统进化树,并在Figtree里编辑进化树[17]